Chapitre 9 - Entérovirus et virus des gastroentérites

9.2 Virus des gastroentérites

Ils sont responsables de plus de la moitié des gastroentérites, celles-ci causant, par déshydratation, la mort de 2 x 10⁶ enfants par an dans le monde. Il ne s’agit pas des entérovirus, pour lesquels l’infection du tube digestif, constante, est asymptomatique. Il s’agit de virus longtemps méconnus, car difficiles ou impossibles à isoler en culture de cellule in vitro et reconnus initialement par examen en microscopie électronique des selles où ils sont excrétés en abondance. L’infection par ces virus de gastroentérite est une infection localisée à la porte d’entrée digestive, les signes apparaissant après une courte incubation de quelques jours. Ces infections procèdent par épidémies. Le diagnostic de l’agent responsable n’est pas clinique, mais l’on dispose de tests virologiques directs faciles à mettre en œuvre, comme le test au latex pour les rotavirus.

9.2.1 Rotavirus

Les rotavirus sont responsables de la moitié des gastro-entérites (vomissements + diarrhée) aiguës du nourrisson. Ils ne se multiplient pas en culture de cellules.

On les reconnaît uniquement par examen direct des selles, initialement en microscopie électronique et désormais en pratique courante par ELISA ou plus simplement encore par un test au latex (Rotalex), test sur lame utilisant des particules de latex enrobées d’anticorps rotavirus : un extrait de selles contenant du virus les agglutine.

Leur nom vient de l’existence d’une double capside qui, en électro-microscopie d’un extrait de selles, leur donne un aspect en roue très évocateur. Ce ne sont pas des picornavirus, mais ce sont des virus nus à ARN : contrairement aux entérovirus et aux rhinovirus qui sont à ARN monocaténaire et de petite taille, les rotavirus ont un ARN bicaténaire et en 11 segments, et une taille supérieure.

On dispose d’un sérodiagnostic mais il est sans aucun intérêt pour une maladie virale localisée avec du virus en abondance au niveau des lésions.

Curieusement, les gastro-entérites de l’enfant à rotavirus sévissent surtout l’hiver (et constituent, avec les infections à virus RS, les deux 1^ères causes de la surcharge de travail des pédiatres en cette saison). Elles donnent fréquemment des vomissements et une déshydratation. Finalement, parmi les gastro-entérites de l’enfant, 20 % sont de causes inconnues, 20 à 30 % d’origine bactérienne (Salmonelles, Shigelles, E. coli) et 50 % à rotavirus.

Dans les pays du Tiers Monde où l’on ne sait pas traiter à temps la déshydratation causée par la diarrhée et les vomissements, les rotavirus sont responsables de nombreux décès au cours de la petite enfance (≥ 1 million par an).

Diverses formules de vaccin vivant ont été mises au point et sont actuellement en cours d’essais mais aucune n’est disponible actuellement dans le commerce. Dans le Tiers Monde, en attendant les futurs vaccins, la stratégie actuelle est de centrer les ressources et les efforts sur le traitement symptomatique de la déshydratation, qui vaut pour les diarrhées de toute cause et en a, dans tous les pays, réduit spectaculairement la mortalité.

Une formule de vaccin vivant a été abandonnée par le fabricant après avoir été associée à de rares cas d’invagination intestinale aiguë (IIA) du nourrisson (1 cas pour 10 000). Cela étant, ce risque d’IIA faible vaut probablement la peine d’être couru dans les pays du Tiers Monde. Affaire délicate, à suivre (les rapport coût/bénéfices et risques/bénéfices peuvent différer selon les pays).

Les rotavirus peuvent donner des diarrhées sévères chez les sujets immunodéprimés et chez les personnes âgées.

9.2.2 Petits virus nus à ARN responsable de gastroentérites

Ce sont les astrovirus et les calicivirus (dont les norovirus, anciennement agent de Norwalk et virus voisins). Ils donnent des épidémies brutales, d’origine alimentaire ou hydriques, dans les collectivités (cantines, croisières), cela à tous les âges.

9.2.3 Adénovirus des gastroentérites

Ce sont les sérotypes 40 et 41. Ils sont responsables d’une faible proportion des gastroentérites du jeune enfant et peuvent donner des invaginations intestinales aiguës. Leur isolement en culture de cellules est pratiquement impossible, mais l’on dispose d’un test au latex (Adénolex) si l’on veut les déceler dans les selles.

9.3 Points importants

Entérovirus, virus nus ARN à 1 brin

• Les entérovirus (poliovirus, coxsackievirus, échovirus et entérovirus numérotés au-delà de 70) ont l’épidémiologie des entérobactéries, mais ils ne donnent pas de gastroentérites.
• Les poliovirus comportent 3 sérotypes, les paralysies s’observent dans 1 à 2 % des infections, au terme d’une infection généralisée aboutissant à l’atteinte de la corne antérieure de la moelle.
• La poliomyélite, grâce à la vaccination de masse, est en voie d’éradication, mais persiste encore en Afrique.
• Le vaccin antipoliomyélitique inactivé, tué, est à préférer au vaccin vivant atténué, car il est dépourvu de risque.
• Le vaccin vivant est très efficace et peu coûteux mais il est très dangereux pour les sujets immunodéprimés (sujets vaccinés ou vivant dans l’entourage d’un sujet vacciné) et fragile
• Les vaccins antipoliomyélitiques sont trivalents et administrés en trois prises à un mois d’intervalle à partir de 2 mois, avec une dose de rappel à 16-18 mois, puis tous les 10 ans.
• Il y a environ 30 sérotypes de coxsackievirus et autant d’échovirus, de sorte qu’il n’y a pas de vaccin disponible.
• Les entérovirus sont la principale cause des méningites lymphocytaires pures (penser aussi au virus des oreillons, au VIH, à Listeria monocytogenes, à la tuberculose).
• La RT PCR est de plus en plus utilisée pour le diagnostic des infections à entérovirus.

Rotavirus, virus nus ARN à 2 brins

• Ils sont les principaux responsables des gastro-entérites du nourrisson et en tuent un million par an de par le monde.
• Ils ne sont pas isolables en culture de cellules, mais il existe des tests directs simples sur selles, comme le test au latex.
• Le vaccin n’est pas au point actuellement.
• L’essentiel du traitement est la réhydratation.

Astrovirus & Calicivirus

• Ce sont les responsables des épidémies de diarrhées virales d’origine alimentaire en collectivités.