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Virologie

Sommaire

Introduction

1 - Structure des virus, cycle viral, physiopathologie des infections virales

2 - Les Herpesviridae - 1ère partie (HSV et VZV)

3 - Les Herpesviridae - 2ème partie (CMV, EBV, HHV-6, HHV-7, HHV-8 et virus B du singe)

4 - Rétrovirus humains - 1ère partie (le VIH ou HIV)

5 - Rétrovirus humains - 2ème partie (HTLV) et virus des hépatites - 1ère partie (hépatite A - VHA ou HAV, hépatite B - VHB ou HBV)

6 - Virus des hépatites - 2ème partie

7 - Les virus respiratoires - 1ère partie

8 - Les virus respiratoires - 2ème partie. Les virus des oreillons, de la rougeole, de la rubéole

9 - Entérovirus et virus des gastroentérites

10 - « Autres virus à ADN » : adénovirus, polyomavirus, papillomavirus, parvovirus, poxvirus

11 - Agents des encéphalopathies spongiformes ou ATNC (agents transmissibles non conventionnels)

12 - Virus de la rage, arbovirus, autres virus dits émergents

A - Calendrier des vaccinations 2005 - Tableau synoptique

B - Calendrier vaccinal 2005

C - Récapitulatif : diagnostic, prévention, traitement

D - Aide-mémoire de chimiothérapie antivirale

E - Les examens virologiques en pratique médicale

F - Recommandations de traitement pour hépatite chronique

G - Vingt ans après

H - Évaluation de l’enseignement de la virologie. Année 2007

I - Remerciements


Tous droits de reproduction réservés aux auteurs


traduction HTML V2.8
V. Morice


Chapitre 8 - Les virus respiratoires - 2ème partie. Les virus des oreillons, de la rougeole, de la rubéole

 

8.1 - Virus respiratoires (2ème partie)

 

Après les virus influenza, il reste à traiter sous le chapitre « virus respiratoires » les virus para-influenza (PIV), le virus respiratoire syncytial (RSV), les coronavirus humains banals et le coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS), et les rhinovirus.

PIV et RSV appartiennent à la famille des Paramyxoviridae qui est voisine de la famille des Orthomyxoviridae (virus de la grippe ou influenza) et qui comprend aussi le virus des oreillons et le virus de la rougeole. Les coronavirus appartiennent à une famille très différente, celle des Coronaviridae. Quant aux rhinovirus, ils appartiennent à la famille des Picornaviridae.

8.1.1 Généralités sur la famille des Paramyxoviridae

Aux côtés de la famille des Orthomyxoviridae (virus influenza), la famille des Paramyxoviridae comporte deux sous-familles :

  • les Paramyxovirinae avec les virus para-influenza (genre Respirovirus), le virus des oreillons (Rubulavirus) et le virus de la rougeole (Morbillivirus) ;
  • les Pneumovirinae avec le virus respiratoire syncytial ou virus RS.

8.1.1.1 Structure

Tous sont des virus à ARN, à capside tubulaire, enveloppés. Cette enveloppe ou péplos dérive de la membrane cytoplasmique, par bourgeonnement et porte des spicules de glycoprotéines qui interviennent dans l’attachement et la pénétration.

Sauf dans le cas du VRS, ces spicules sont doués de propriétés hémagglutinantes, tandis que les cellules infectées hémadsorbent. Hémagglutination et hémadsorption s’observent donc avec tous ces virus à l’exception du virus RS.

Chez ces virus, on ne voit pas de variations antigéniques importantes dans le temps, rien qui ressemble aux cassures et glissement des virus de la grippe. Les sérotypes sont relativement stables, fixés. D’où l’absence de pandémie. Mais on observe tous les ans de petites épidémies durant la saison froide et humide.

8.1.1.2 Transmission

Comme tous les virus à péplos, ce sont des virus fragiles. Leur transmission est respiratoire, inter-humaine directe, favorisée par un temps froid et humide. Ils sont excrétés dans les sécrétions respiratoires mais pas dans les selles. Ils ne persistent pas longtemps dans l’environnement. Il n’y a pas de transmission hydrique, fécale-orale.

Les prélèvements pour isolements supportent mal le transport et sont à inoculer si possible au lit du malade, sinon à transporter rapidement au laboratoire dans de la glace ou bien à congeler dans la carboglace (-80°C).

Cependant, pour faire un diagnostic direct en immuno-fluorescence ou en immuno-peroxydase (immunocytodiagnostic) sur les cellules respiratoires desquamées, il suffit de transporter dans la glace le produit de l’aspiration naso-pharyngée ou de l’écouvillonage nasal et il ne faut surtout pas congeler le prélèvement (cela détruirait les structures cellulaires et empêcherait l’immuno-cytodiagnostic).

Dans l’organisme infecté, ces virus, entrés par inhalation, se multiplient dans l’épithélium respiratoire. Pour les virus para-influenza et le virus RS, l’infection reste localisée à l’arbre respiratoire, sans virémie, d’où une maladie locale à incubation courte, respiratoire haute ou basse. Pour les virus des oreillons, le virus de la rougeole, l’infection diffuse par virémie et l’on a une maladie généralisée, à incubation longue.

Toutes ces infections surviennent habituellement tôt dans l’enfance.

8.1.2 Les virus para-influenza

Ils sont 4, les virus para-influenza 1 à 4.

8.1.2.1 Manifestations cliniques

A côté de nombreuses infections inapparentes, ces virus donnent, comme leur nom l’évoque, des infections assez voisines de la grippe, localisées à l’arbre respiratoire, à incubation courte. Ce sont des infections survenant dans la petite enfance, des infections respiratoires surtout hautes, notamment des laryngites.

Les virus para-influenza 1 à 4 sont de fait les principaux agents des laryngites aiguës de l’enfant ou du nourrisson. Elles donnent, cliniquement de la fièvre avec une toux rauque, des modifications de la voix, enrouée, et dans les formes sévères une dyspnée inspiratoire (comme toutes les dyspnées laryngées).

8.1.2.2 Traitement de ces laryngites

Il comporte une succession de mesures graduées selon la gravité des signes. D’abord une association d’antipyrétique et de sédatif. Puis l’humidification de l’atmosphère. Si cela ne suffit pas, il faut donner des corticoïdes (1 ampoule de soludécadron i.m.) et dans les cas les plus graves, recourir à une intubation laryngée. Ne pas examiner la gorge à l’abaisse-langue en cas de laryngite aiguë sous-épiglottique, du fait d’un risque de spasme laryngé.

8.1.2.3 Diagnostic virologique

  1. Indications : Il n’est intéressant que pour les formes sévères ou lorsqu’on procède à une enquête épidémiologique ou thérapeutique.
  2. Isolement
    C’est l’isolement des virus dans les sécrétions respiratoires, non dans les selles. Ils se multiplient en cultures de cellules courantes, donnant souvent un ECP fait de syncytiums avec inclusions cytoplasmiques et toujours une hémadsorption. La seule difficulté à l’isolement de ces virus vient de leur fragilité.
  3. Sérodiagnotic. Il n’a pas d’intérêt en pratique médicale courante.
    Il faudrait examiner simultanément deux sérums, précoce et tardif, à la recherche d’une élévation significative du taux des anticorps, soit une variation d’au moins 1 à 4. Il n’y a pas un antigène commun entre les 4 virus para-influenza, mais une certaine parenté antigénique, de sorte que l’infection par l’un de ces virus donne souvent une séroconversion vis-à-vis de plusieurs virus para-influenza. Mais il n’y a pas à proprement parler d’antigène de groupe, pas de réaction de groupe : il y a 4 sérodiagnostics para-influenza distincts, ce qui en fait une procédure lourde. Par ailleurs, la nécessité d’examiner simultanément 2 sérums, précoce et tardif fait que le résultat ne viendrait qu’à la convalescence et ne changerait donc rien à la prise en charge du patient.
  4. Diagnostic direct rapide : détection d’antigène par examen en immunofluorescence ou immunoperoxydase des cellules respiratoires desquamées (frottis nasal ou aspiration naso trachéale). Cet immunocytodiagnostic est à privilégier. Il a l’intérêt, outre sa rapidité, d’être praticable sur des prélèvements transportés simplement dans de la glace, sans congélation.

8.1.2.4 Vaccination

PAS DE VACCIN DISPONIBLE NI DE CHIMIOTHÉRAPIE VALIDÉE.

8.1.3 Virus respiratoire syncytial

Noter le deuxième y comme dans cytologie.

8.1.3.1 L’infection

Il donne des infections localisées à l’arbre respiratoire, particulièrement chez le tout jeune enfant. A l’âge de 2 ans, presque tous les enfants ont rencontré ce virus. Les trois-quarts des bronchiolites du nourrisson sont dus au virus RS. Ce virus donne aussi des pneumonies du nourrisson. Ces manifestations respiratoires basses surviennent par épidémies tous les hivers, entraînant alors (avec les diarrhées concomitantes à rotavirus) une surcharge d’activité des pédiatres et des infections nosocomiales. Chez certains nourrissons, en particulier les prématurés, elles sont très sévères, entraînant une insuffisance respiratoire aiguë qui oblige à des mesures de réanimation. La mortalité est alors de 2 %.

On distingue des souches de groupe A et des souches de groupe B, qui généralement circulent simultanément dans la population.

Par ailleurs, une infection à virus RS est souvent retrouvée dans les poumons à l’autopsie de nourrissons morts subitement. Ce n’est probablement là qu’un facteur déclenchant sur fond de tendance à l’apnée du sommeil.

D’autre part, il est remarquable que ce virus RS infecte des enfants très jeunes qui, pour la plupart, ont encore des anticorps maternels.

Il donne aussi des réinfections chez les adultes en contact avec de jeunes enfants. Ces adultes, sauf état d’immunodépression, ne font habituellement qu’une infection respiratoire bénigne. Une infection sévère peut s’observer chez les adultes immunodéprimés ou chez les vieillards où la période d’épidémie à virus RS est à l’origine d’un excès de mortalité.

L’infection à virus RS est, comme la grippe, un sérieux problème de santé publique.

8.1.3.2 Diagnostic au laboratoire

  1. Le virus se multiplie en culture de cellules courantes en donnant des syncytiums (comme son nom l’indique) avec inclusions cytoplasmiques. Ce virus est encore plus fragile que le virus de la grippe, de sorte qu’il faudrait inoculer les cultures au lit du malade.
  2. En fait, il faut privilégier le diagnostic rapide, sur les sécrétions respiratoires, avec plusieurs techniques disponibles. 1/ L’immunocytodiagnostic : on soumet les cellules des sécrétions respiratoires obtenues par frottis nasal (ou aspiration trachéale ou bronchique chez les enfants intubés) à un immunsérum fluorescent anti-virus RS, et en cas d’infection à virus RS on observe une fluorescence du cytoplasme qui traduit la présence d’antigène viral en immunofluorescence. 2/ On peut également recourir à une technique immunoenzymatique classique sur support solide (ELISA), ou encore 3/ à une technique immunoenzymatique ultra rapide par immunofitration sur membrane (« savonnette »). 3/ La RT-PCR reste pour le moment cantonnée aux laboratoires spécialisés en virologie.
  3. Le sérodiagnostic n’a pas d’intérêt.
    La séroconversion est inconstante : l’infection survient souvent sous anticorps maternels et l’enfant jeune répond mal en anticorps et, de toute façon, toujours tardivement, à la convalescence.

8.1.3.3 Traitement

Les infections respiratoires sévères à virus RS ont fait l’objet de traitements par aérosol de ribavirine, nucléoside antiviral à spectre large et assez toxique (sauf en aérosol). L’efficacité en est très discutée.

Un vaccin contre le virus RS serait très utile. Malheureusement nous n’en avons pas actuellement.

Un vaccin tué avait été préparé. Il suscitait des anticorps, mais ne protégeait pas, bien au contraire : il entraînait une sensibilisation des enfants qui, rencontrant ultérieurement le virus, développaient une maladie plus sévère que les sujets non vaccinés ! C’est à rapprocher du fait que bronchiolites et pneumonies du nourrisson de moins de 6 mois surviennent sous anticorps transmis de la mère.

Toutefois, l’administration d’anticorps monoclonaux pour prévenir les épidémies de crèche est à l’essai avec des résultats encourageants mais à un prix très élevé (30 000 F/enfant !). Comprenne qui peut !

8.1.3.4 Métapneumovirus humain

On a découvert en 2001 qu’une part des broncho-alvéolites du nourrisson est attribuable en fait à un virus voisin mais différent du virus RS, le METAPNEUMOVIRUS HUMAIN. Il est ubiquitaire, comme le virus RS, mais plus difficile à isoler en culture de cellules (d’où sa découverte tardive) et son principal test est la RT-PCR, si l’on tient à le reconnaître.

8.1.4 Coronavirus

  1. Ce sont des virus à ARN, enveloppés, avec certaines particularités : le génome le plus long des virus à ARN (30 kb) ; de très larges spicules d’enveloppe, donnant à la particule virale un aspect en couronne ; une relative résistance dans l’environnement et la présence dans les selles (en rapport avec cette enveloppe particulière ?).
  2. Les coronavirus humains banals. Ils comptent parmi les agents du rhume, derrière les rhinovirus. La difficulté de leur isolement en culture de cellules, la bénignité du rhume et l’absence de traitement antiviral font que le diagnostic virologique, hors enquêtes spécifiques, n’en est pas fait.
  3. SRAS-CoV
    Le SRAS (SARS, en anglais)
    C’est la première menace de pandémie du troisième millénaire. Cette pneumonie sévère, apparue en novembre 2002 dans la province de Guangdong (ex Canton) en Chine, a diffusé jusqu’en avril 2003, touchant plus de 8000 personnes. Elle est due à un coronavirus nouveau, d’origine très probablement animale (la civette), les coronavirus humains déjà connus ne donnant que des rhumes. L’implication de ce nouveau virus (isolé initialement en culture de cellules Vero) comme agent du SRAS a été démontrée par la reproduction de la maladie chez le singe (cynomolgus).
    Physiopathologie
    Le SRAS diffère de la grippe par les caractères suivants : mortalité plus élevée (10 %) ; incubation plus longue (six jours, avec des extrêmes de 14 jours) ; caractère généralisé de l’infection (le virus est présent dans les sécrétions respiratoires, mais aussi dans les urines, les selles, le sang) ; pic de multiplication virale relativement tardif (10 jours après le début des signes cliniques) ; rareté des affections asymptomatiques ; fréquence de la pneumonie plus grande chez l’adulte que chez l’enfant (comme pour la pneumonie de la varicelle) ; contagiosité limitée (deux à quatre cas secondaires par cas index, mais exceptionnellement beaucoup plus ; pour la grippe, c’est 5 à 10 cas, voire 15 en cas de pandémie) ; diffusion nosocomiale importante parmi le personnel (« maladie des blouses blanches ») ; enfin contrôle possible de l’épidémie par des mesures d’hygiène (isolement, quarantaine, bannissement des aérosols) dès que les cas sont reconnus.
    Diagnotic virologique
    Il est nécessaire. En phase aiguë, on recherche le génome viral par RT-PCR en temps réel sur les sécrétions respiratoires, les urines, les selles. Le diagnostic rétrospectif peut se faire par la recherche d’une séroconversion sur deux prélèvements sériques, précoce et tardif (IF ou ELISA… si le patient survit).
    Traitement
    Il n’y a actuellement pas de traitement antiviral validé. La question : cette épidémie liée à une zoonose peut-elle reprendre tous les ans ? Importance de la surveillance en Chine de la civette et autres animaux sauvages vendus sur les marchés et utilisés en plats cuisinés.

8.1.5 Rhinovirus

Les rhinovirus de la famille des Picornaviridae, petits virus à ARN, nus, sont très voisins des échovirus, mais ils sont détruits à pH acide et se multiplient préférentiellement à 32°C. Donc ils ne passent pas l’estomac, contrairement aux entérovirus. L’infection se limite ainsi à l’arbre respiratoire supérieur. Ce sont ainsi les principaux responsables des rhumes de cerveau. Il en existe près de 100 sérotypes distincts sans immunité croisée. Donc, pas de vaccination en perspective et la possibilité pour chacun de nous de faire plusieurs rhumes par an tout au long de notre vie. Leur isolement est rarement fait ; il exigerait des cultures de fibroblastes humains maintenus à 32°C, température de l’arbre respiratoire supérieur.

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8.1 - Virus respiratoires (2ème partie)
8.2 - Virus des oreillons ou virus ourlien
8.3 - Virus de la rougeole
8.4 - Points importants
8.5 - Virus de la rubéole
8.1.1 - Généralités sur la famille des Paramyxoviridae
8.1.2 - Les virus para-influenza
8.1.3 - Virus respiratoire syncytial
8.1.4 - Coronavirus
8.1.5 - Rhinovirus
8.1.1.1 - Structure
8.1.1.2 - Transmission
8.1.2.1 - Manifestations cliniques
8.1.2.2 - Traitement de ces laryngites
8.1.2.3 - Diagnostic virologique
8.1.2.4 - Vaccination
8.1.3.1 - L’infection
8.1.3.2 - Diagnostic au laboratoire
8.1.3.3 - Traitement
8.1.3.4 - Métapneumovirus humain