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Virologie

Sommaire

Introduction

1 - Structure des virus, cycle viral, physiopathologie des infections virales

2 - Les Herpesviridae - 1ère partie (HSV et VZV)

3 - Les Herpesviridae - 2ème partie (CMV, EBV, HHV-6, HHV-7, HHV-8 et virus B du singe)

4 - Rétrovirus humains - 1ère partie (le VIH ou HIV)

5 - Rétrovirus humains - 2ème partie (HTLV) et virus des hépatites - 1ère partie (hépatite A - VHA ou HAV, hépatite B - VHB ou HBV)

6 - Virus des hépatites - 2ème partie

7 - Les virus respiratoires - 1ère partie

8 - Les virus respiratoires - 2ème partie. Les virus des oreillons, de la rougeole, de la rubéole

9 - Entérovirus et virus des gastroentérites

10 - « Autres virus à ADN » : adénovirus, polyomavirus, papillomavirus, parvovirus, poxvirus

11 - Agents des encéphalopathies spongiformes ou ATNC (agents transmissibles non conventionnels)

12 - Virus de la rage, arbovirus, autres virus dits émergents

A - Calendrier des vaccinations 2005 - Tableau synoptique

B - Calendrier vaccinal 2005

C - Récapitulatif : diagnostic, prévention, traitement

D - Aide-mémoire de chimiothérapie antivirale

E - Les examens virologiques en pratique médicale

F - Recommandations de traitement pour hépatite chronique

G - Vingt ans après

H - Évaluation de l’enseignement de la virologie. Année 2007

I - Remerciements


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traduction HTML V2.8
V. Morice


Chapitre 7 - Les virus respiratoires - 1ère partie

 

 

Ce sont, d’après une convention quelque peu arbitraire, les virus qui ont pour organe-cible habituel et principal l’arbre respiratoire. Il peut s’agir de la partie haute de l’arbre respiratoire (rhinite, pharyngite, laryngite) ou de la partie basse (bronchite, pneumonie). La plupart des infections à virus respiratoires sont des « infections localisées », c’est à dire établies au niveau de la muqueuse respiratoire et n’allant pas plus loin, de sorte que porte d’entrée et organe cible sont confondus et que l’incubation de la maladie, courte, n’est que de quelques jours, ce qui favorise une diffusion rapide de l’infection dans la communauté. C’est le cas de la grippe, des laryngites à virus para-influenza, de la rhinite à rhinovirus, de la bronchiolite ou de la pneumonie à virus respiratoire syncytial.

N’entrent pas dans ce cadre conventionnel des virus respiratoires d’autres virus pour lesquels l’atteinte de l’arbre respiratoire apparaît essentiellement comme une complication de l’infection ou comme une manifestation parmi d’autres d’une atteinte polyviscérale (VZV, CMV, virus de la variole). Enfin dans certains cas, des membres d’une famille virale se caractérisent par des manifestations respiratoires marquées alors que d’autres ne sont responsables que de manifestations digestives (Adenoviridae).

Ainsi, nous étudierons ici les virus de la grippe ou virus influenza, les virus para-influenza, le virus respiratoire syncytial ou virus RS, les coronavirus, les rhinovirus, et les adénovirus responsables d’infections respiratoires. A l’exception des adénovirus (virus à ADN, nus), il s’agit de virus à ARN, et à l’exception des rhinovirus (virus à ARN, nus), ce sont des virus pourvus d’une enveloppe ou péplos.

7.1 Virus de la grippe ou virus influenza

La grippe est une infection virale souvent bénigne et très fréquente. La plupart des sujets font plusieurs fois la grippe dans leur vie. Cependant la grippe peut tuer : l’épidémie de 1918 aurait fait 20 à 40 millions de morts, voire 100 selon l’estimation maximale, soit 1 % de la population mondiale. En tout cas, elle a incontestablement surpassé nos glorieux massacres de la première guerre mondiale.

7.1.1 Clinique de la grippe

C’est une maladie qui sévit l’hiver. Chaque année, survient alors une épidémie de grippe, avec, tous les 10 ans environ, une épidémie d’une étendue très inhabituelle qui touche pratiquement toute la population mondiale : on parle alors de pandémie. Il en fut ainsi en 1947, en 1957 et en 1968. Le mot influenza, d’origine italienne, rappelle qu’autrefois on croyait que la grippe survenait sous l’influence des astres. C’est une tendance de l’esprit humain d’attribuer au cosmos les grandes épidémies, quelles qu’elles soient (cf. le virus Apollo).

Le mot grippe vient d’agrippé et suggère une maladie brutale. De fait, après une incubation de 1 à 2 jours, c’est soudainement une fièvre, à 40°C, accompagnée de douleurs diffuses, de céphalées, de rachialgies, de myalgies ; le malade a l’impression d’être roué de coups.

Il existe des signes respiratoires, mais ils sont discrets : un écoulement nasal, une toux sèche, parfois des douleurs pharyngées, laryngées, trachéales, ou un saignement de nez (une épistaxis). Voilà à quoi se résument les symptômes de la grippe. Il faut ajouter que chez le jeune enfant une fièvre de cette intensité peut déclencher une crise convulsive hyperpyrétique.

L’examen physique est habituellement négatif, contrastant avec l’intensité des signes généraux. L’auscultation pulmonaire est le plus souvent normale. La radiographie pulmonaire également. On ne trouve de foyer pulmonaire que dans 10 % des cas. Il ne faut donc pas compter sur la radiographie pulmonaire pour confirmer un diagnostic de grippe, et il est hors de question de proposer une radiographie pulmonaire en cas d’épidémie de grippe à tous les malades suspects : ce serait une source de dépenses et d’irradiation considérables, en pure perte.

Trois à 4 jours plus tard tout est rentré dans l’ordre, la fièvre a disparu, du moins dans les formes simples. Donc la grippe donne un syndrome fébrile de durée limitée qui ressemble à la phase d’invasion de bon nombre de maladies infectieuses.

Sur quoi va-t-on penser à la grippe ? Essentiellement sur les arguments épidémiologiques très simples : c’est l’hiver, et l’on a appris par les médias qu’il y avait une épidémie de grippe, épidémie apparue en général en Orient (Chine), et qui, à un endroit donné, dure en moyenne six semaines. On sait en effet cela grâce à un réseau de surveillance de la grippe, placé sous l’égide de l’O.M.S., avec comme relais local le Centre National de Référence (CNR) de la Grippe de l’Institut Pasteur de Paris, pour le Nord de la France, celui de Lyon pour le Sud. Il s’appuie sur un réseau-sentinelle mobilisant des volontaires Pédiatres et Généralistes surveillant particulièrement les collectivités d’enfants qui ont un rôle d’amplificateur pour la propagation des virus de la grippe.

Le classique V grippal de la courbe thermique (reprise de la fièvre après un intervalle libre) s’observe surtout en cas de complications secondaires, de surinfection bactérienne.

Au total, la clinique n’étant pas caractéristique, ce qu’on qualifie cliniquement de grippe n’est réellement la grippe - infection à virus influenza A ou B - que dans 20 % des cas.

7.1.2 Parcours du virus de la grippe dans l’organisme

La grippe est l’exemple même d’une maladie locale, localisée à l’arbre respiratoire, bien qu’on observe des signes généraux très diffus et très intenses. Le virus, qui est un virus à enveloppe, fragile, pénètre dans l’organisme par inhalation des microgouttelettes projetées par les personnes infectées ; il se multiplie aussitôt dans l’arbre respiratoire cilié qui va du nez jusqu’aux bronchioles. L’infection ne va pas au delà, dans les formes habituelles. Le virus ne se multiplie pas dans l’alvéole. En profondeur, il ne dépasse pas la membrane basale. Sauf exception, il n’y a pas de virémie. Donc, la multiplication virale reste localisée à la porte d’entrée du virus dans l’organisme. D’où la brièveté de l’incubation, 1 à 2 jours. Cette multiplication locale donne une nécrose de l’épithélium respiratoire cilié, donc des lésions intenses, mais réversibles. Cette nécrose s’accompagne d’hypersécrétion de mucus bronchique et d’une hypertension modérée dans la petite circulation.

Cette nécrose explique la toux, l’épistaxis inconstante. On pense que fièvre et myalgies sont dues à la sécrétion de cytokines, d’interféron (l’administration médicale d’interféron donne de fait une fièvre brutale et des myalgies pseudogrippales) et d’interleukine 6.

Cela étant, pour une infection grippale cliniquement exprimée, il y a 3 à 9 infections asymptomatiques.

A l’opposé, la grippe tue parfois. Les épidémies de grippe se traduisent toujours par un excès de décès. On estime la mortalité moyenne de la grippe à 0,1 %

Rappel sur la notion d’organe-cible. On appelle organe-cible d’un virus le ou les organes dont l’infection est à l’origine des signes cliniques caractéristiques de la maladie. Ainsi, la corne antérieure de la moelle pour les poliovirus et non la muqueuse digestive pourtant infectée mais cliniquement muette ; l’épithélium respiratoire cilié pour les virus de la grippe ; les glandes salivaires, les glandes génitales, les méninges pour le virus des oreillons et non la muqueuse respiratoire qui représente pourtant la porte d’entrée, muette, du virus.

Dans les maladies virales localisées, à incubation courte, porte d’entrée et organe cible sont confondus : grippe, gingivostomatite herpétique. Dans les maladies virales généralisées, les organes cibles sont à distance de la porte d’entrée du virus, d’où l’incubation longue.

7.1.3 Morts par grippe

Habituellement 0,5-1 × 106 par an, dont 1500 en France, mais bien plus en cas de pandémie.

  1. Elles s’expliquent parfois par une surinfection bactérienne : la nécrose de l’épithélium respiratoire cilié et l’hypersécrétion de mucus font de l’arbre respiratoire l’équivalent d’un tube de culture pour bactéries, d’autant que les macrophages infectés par les virus grippaux ont un pouvoir phagocytaire diminué. D’où la possibilité de surinfection à Haemophilus influenza, Staphylococcus aureus, Streptococcus pneumoniae, Neisseria, c’est-à-dire des bactéries commensales de l’arbre respiratoire supérieur qui profitent de la destruction du « tapis muco-ciliaire » pour « faire une descente » dans l’arbre respiratoire inférieur, normalement stérile (grâce à ce tapis roulant). C’est surtout en cas de surinfection bactérienne que l’on voit le classique V grippal de la courbe thermique, et une hyperleucocytose à polynucléaires. La pneumonie à Staphylococcus aureus est la surinfection la plus grave (mortalité de 30 à 50 %). Cette surinfection bactérienne, qui est difficile à prévoir, n’explique qu’une proportion des morts par grippe.
  2. Car dans la majorité des cas mortels, on a, à l’autopsie, une pneumopathie purement virale, la pneumonie grippale primitive, qui associe à la nécrose de la muqueuse respiratoire ciliée, un œdème hémorragique massif. Celui-ci remplit complètement les alvéoles, distend les poumons qui sont véritablement noyés.
    On connaît des circonstances qui favorisent l’apparition de cette pneumonie grippale maligne : ce sont tous les états d’insuffisance cardiaque ou respiratoire : les bronchites chroniques de l’adulte, la dilatation des bronches ou la mucoviscidose de l’enfant, les cardiopathies du sujet âgé ou les malformations cardiaques congénitales de l’enfant. Ces sujets fragiles situés aux deux extrêmes de la vie supportent mal l’hypersécrétion bronchique et la surcharge modérée de la petite circulation qui accompagnent l’infection grippale. La sécrétion inappropriée de cytokines est également tenue responsable de la grippe maligne (« orage cytokinique »).
    Un autre catégorie de sujets risque plus que les autres la grippe maligne : ce sont les femmes enceintes qui ont, à l’état physiologique en cours de grossesse, une surcharge de la petite circulation.
    Il reste que bon nombre de pneumonies grippales mortelles surviennent sans cause favorisante connue, chez des sujets en pleine force de l’âge, sans explication.

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7.1 - Virus de la grippe ou virus influenza 7.1.1 - Clinique de la grippe
7.1.2 - Parcours du virus de la grippe dans l’organisme
7.1.3 - Morts par grippe
7.1.4 - Virus de la grippe ou virus influenza et modifications antigéniques
7.1.5 - Diagnostic au laboratoire
7.1.6 - Traitement et prévention de la grippe
7.1.7 - Points importants