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Biologie génique

Plan du cours

Objectifs

I - Enzymes agissant sur les acides nucléiques

1 - Phosphorylation - déphosphorylation

2 - Les polymérases

3 - Les ligases

4 - Les isomérases

5 - Les nucléases

6 - Autres enzymes

II - Préparation des acides nucléiques

7 - Extraction et purification

8 - Synthèse des polynucléotides

9 - Caractérisation des acides nucléiques

III - Caractérisation des événements génétiques

10 - Mutations

11 - Expression

IV - Le génie génétique

12 - Mutagénèse

13 - Transposition - recombinaison

14 - Construction de vecteurs

15 - Transgénèse


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traduction HTML V2.8
V. Morice


Partie II - Préparation des acides nucléiques
Chapitre 9 - Caractérisation des acides nucléiques

 

9.8 - Calcul de la Tm

 

Image BG_65_PICT.jpg
BG 65

  • Il est possible de mesurer directement la température de fusion d’un ADN double brin en mesurant l’augmentation de l’absorbance de la solution à 260 nm en fonction de la température.
  • Toutefois, on se contente la plupart du temps d’une estimation à partir de la composition de l’oligonucléotide. Si celui-ci a une longueur égale ou inférieure à 20 nt on compte 2°C par couple A:T et 4°C par couple G:C. A partir de N = 20, on corrige d’un multiplicateur proportionnel à la longueur au delà de ce chiffre : 1 + [(N-20)/20].
  • Pour être plus précis il faut tenir compte aussi de la concentration en sodium du tampon d’hybridation. Lorsque cette concentration n’excède pas 1M, on utilise la formule :
    Tm = 81,5 + 16,6(log10[Na+]) + 0,41[(G+C)/N] - (600/N)

  • Lorsqu’il existe des misappariements (mismatches) il faut soustraire de la Tm calculée autant de degrés C. que le pourcentage de séquence non-appariée de l’oligonucléotide.
  • Lorsqu’on travaille en présence de formamide, il faut encore diminuer la Tm en fonction de la concentration de l’amide :
    T’m = Tm-0,6(% formamide)

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9.1 - Principaux oligonucléotides
9.2 - Spectres UV des bases nucléiques
9.3 - Spectre UV des acides aminés
9.4 - Dosage des acides nucléiques
9.5 - Electrophorèse des acides nucléiques
9.6 - Sonde nucléique (définition)
9.7 - Hybridation d’une sonde
9.8 - Calcul de la Tm
9.9 - Southern blot
9.10 - Drépanocytose (anémie falciforme)
9.11 - Marquage : nick translation
9.12 - Marquage : random priming
9.13 - Marquage : terminal transferase
9.14 - Marquage : polynucléotide kinase
9.15 - Didésoxyadénosine triphosphate
9.16 - Réaction de séquence
9.17 - Séquençage de l’ADN
9.18 - Séquençage : dye primers
9.19 - Séquençage : dye terminators
9.20 - Gel de séquence
9.21 - Séquençage : image du gel
9.22 - Séquençage : analyse de l’image
9.23 - Séquençage : analyse de l’image
9.24 - Promoteur : foot printing
9.25 - Dosage d’ARN : PCR quantitative
9.26 - Dosage d’ARN : protection à la RNase