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Biologie génique

Plan du cours

Objectifs

I - Enzymes agissant sur les acides nucléiques

1 - Phosphorylation - déphosphorylation

2 - Les polymérases

3 - Les ligases

4 - Les isomérases

5 - Les nucléases

6 - Autres enzymes

II - Préparation des acides nucléiques

7 - Extraction et purification

8 - Synthèse des polynucléotides

9 - Caractérisation des acides nucléiques

III - Caractérisation des événements génétiques

10 - Mutations

11 - Expression

IV - Le génie génétique

12 - Mutagénèse

13 - Transposition - recombinaison

14 - Construction de vecteurs

15 - Transgénèse


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traduction HTML V2.8
V. Morice


Partie II - Préparation des acides nucléiques
Chapitre 9 - Caractérisation des acides nucléiques

 

9.24 - Promoteur : foot printing

 

Image BG_75_PICT.jpg
BG 75

  • Dans l’analyse de la séquence des promoteurs, il est important de pouvoir caractériser les séquences des éléments cis-régulateurs.
  • Des fragments de l’ADN du promoteur sont amplifiés par PCR et marqués. Ces fragments sont incubés en présence d’un extrait de noyaux (nucléoplasme) des cellules qui expriment le transcrit situé en aval de ce promoteur. Cet extrait contient les protéines capables de se lier à l’ADN (DNA binding proteins) parmi lesquelles se trouvent les éléments trans-régulateurs. Au cours de cette incubation la liaison entre les éléments trans- et cis- s’établit.
  • L’ADN ainsi protégé par les éléments trans- est soumis à une digestion douce par la DNase I en présence d’ions Ca++. La réaction est stoppée avec de l’EDTA et l’ADN ainsi digéré est réextrait (déprotéinisé) et la longueur des fragments est analysée par un séquenceur.
  • Les fragments amplifiés ont été digérés au hasard par la DNase mais aucune coupure n’a pu se faire dans les séquences protégées de la DNase par les protéines nucléaires. Sur l’analyse les fragments se terminant dans ces zones ayant fixé les protéines, n’apparaîtront donc pas. Sur l’image du gel des plages noires (traces de pas = foot prints) marqueront les parties de la séquence qui ont fixé des protéines et sont donc probablement cis-régulatrices.

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9.1 - Principaux oligonucléotides
9.2 - Spectres UV des bases nucléiques
9.3 - Spectre UV des acides aminés
9.4 - Dosage des acides nucléiques
9.5 - Electrophorèse des acides nucléiques
9.6 - Sonde nucléique (définition)
9.7 - Hybridation d’une sonde
9.8 - Calcul de la Tm
9.9 - Southern blot
9.10 - Drépanocytose (anémie falciforme)
9.11 - Marquage : nick translation
9.12 - Marquage : random priming
9.13 - Marquage : terminal transferase
9.14 - Marquage : polynucléotide kinase
9.15 - Didésoxyadénosine triphosphate
9.16 - Réaction de séquence
9.17 - Séquençage de l’ADN
9.18 - Séquençage : dye primers
9.19 - Séquençage : dye terminators
9.20 - Gel de séquence
9.21 - Séquençage : image du gel
9.22 - Séquençage : analyse de l’image
9.23 - Séquençage : analyse de l’image
9.24 - Promoteur : foot printing
9.25 - Dosage d’ARN : PCR quantitative
9.26 - Dosage d’ARN : protection à la RNase