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Bactériologie

Table des matières

1 - Anatomie fonctionnelle des bactéries

2 - Génétique bactérienne

3 - Staphylocoques

4 - Les streptocoques, entérocoques et pneumocoques

5 - Les neisseria

6 - Les bacilles à gram positif non sporules

7 - Entérobactéries et autres bacilles à gram négatif non exigeants

8 - Les bacilles a gram positif sporules

9 - Les bacilles à gram négatif hémophiles ou exigeants

10 - La flore microbienne normale de l’organisme

11 - Les spirochetes

12 - Mycobactéries

13 - Les rickettsia et bactéries voisines

14 - Les chlamydia


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traduction HTML V2.7
V. Morice


Chapitre 7 - Entérobactéries et autres bacilles à gram négatif non exigeants

 

7.1 - Les entérobactéries

7.1.2 - Salmonella

 

7.1.2.1 Définition et habitat

Les Salmonella sont des entérobactéries dont les caractères essentiels sont de ne pas fermenter le lactose et de ne pas produire d'uréase. Les Salmonella sont des parasites de l'homme, des mammifères (rongeurs), des oiseaux (volailles) et des animaux à sang froid (reptiles). Elles sont responsables, après pénétration par voie orale, de nombreuses infections (salmonelloses), notamment des fièvres typhoïde et paratyphoïdes (maladies à déclaration obligatoire n° 1), des gastro-entérites et des toxi-infections alimentaires collectives (maladies à déclaration obligatoire n° 12).

Le principal mode de contamination chez l'homme est l'ingestion à partir de l'eau (S.typhi surtout), des aliments (ex. produits laitiers, œufs, viande) ou d'animaux familiers porteurs (tortues).

7.1.2.2 Classification

Les travaux récents de taxonomie, en particulier par hybridation de l'ADN, ont permis de conclure que le genre Salmonella ne comportait qu'une seule espèce, Salmonella enterica. Cette espèce comprend 7 sous-espèces différenciées par leurs biotypes. Les sous-espèces sont subdivisées en près de 2 000 sérovars sur la base de leurs antigènes O, H et de capsule. Les sérovars étaient auparavant considérés comme des espèces distinctes.

7.1.2.3 Pouvoir pathogène naturel

  1. Les fièvres typhoïde et paratyphoïdes
    1. Etiologie
      Les fièvres typhoïde et paratyphoïdes sont provoquées par quatre sérovars de Salmonella, strictement humains, antigéniquement distincts mais de pouvoir pathogène similaire : S.Typhi, S.Paratyphi A, S. Paratyphi B et S. Paratyphi C. Ces salmonella sont dites majeures en raison de la gravité de la pathologie qu'elles provoquent.
    2. Physio-pathologie
      Les Salmonella sont ingérées avec une boisson ou un aliment contaminé (coquillages).
      La dose infectante serait de l'ordre de 105 bactéries. Elles traversent sans la léser la paroi intestinale et gagnent les ganglions mésentériques satellites où elles vont se multiplier. Une partie des Salmonella se lysent et libèrent leur endotoxine. Celle-ci provoque des signes cliniques (fièvre, tuphos, bradycardie) et biologiques (leucopénie) et une irritation des plaques de PEYER qui peut entraîner des hémorragies intestinales et des perforations. A partir des ganglions mésentériques, par le canal thoracique, des Salmonella gagnent le courant sanguin (hémoculture positive), et disséminent dans tous les organes (reins, foie, vésicule biliaire) et sont excrétées en faible nombre et de manière intermittente dans les selles (coproculture positive). Finalement, l'organisme infecté produit des anticorps contre les antigènes bactériens (sérodiagnostic positif), qui contribuent à la guérison spontanée de la maladie. Sans traitement, la mortalité est d'environ 20 %.
    3. Diagnostic biologique
      Il repose sur la mise en évidence de la Salmonella responsable (diagnostic direct) par hémoculture et/ou par coproculture, et/ou sur la mise en évidence d'anticorps spécifiques par le sérodiagnostic (diagnostic indirect).
      • Mise en évidence de la Salmonella
        • L'hémoculture est le moyen essentiel de faire le diagnostic d'une fièvre typhoïde.
          Comme il y a peu de Salmonella dans le courant sanguin, les hémocultures doivent être répétées. En l'absence de traitement antibiotique elles sont positives :
          • dans 90 % des cas durant la première semaine de la maladie (1er septennaire)
          • dans 75 % des cas durant la deuxième semaine de la maladie (2e septennaire)
          • dans 40 % des cas durant la troisième semaine de la maladie (3e septennaire)
          • dans 10 % des cas durant la quatrième semaine de la maladie (4e septennaire).

          La bactérie isolée sera identifiée comme Salmonella par ses caractères biochimiques.
          L'espèce en cause sera ensuite précisée par ses caractères antigéniques (voir tableau 1). Malgré la rareté de la résistance acquise aux antibiotiques chez ces espèces un antibiogramme viendra compléter l'examen (sensibilité au chloramphénicol, à l'ampicilline, au cotrimoxazole, etc…).
        • La coproculture se fait sur milieu sélectif, avant et après préculture sur milieux d'enrichissement. Etant donné le faible nombre de Salmonella excrétées dans les selles, cet examen doit être répété mais cependant reste souvent négatif. La coproculture n'est donc pas un le meilleur moyen de faire le diagnostic biologique de la fièvre typhoïde. En revanche, à la fin du traitement, elle est un bon moyen de s'assurer que le malade n'est pas devenu porteur chronique de Salmonella et donc qu'il ne constitue pas une source de contamination pour son entourage.
      • Sérodiagnostic de la fièvre typhoïde
        Le sérodiagnostic de WIDAL et FELIX permet de détecter la présence dans le sang d'anticorps dirigés contre les constituants des Salmonella :
        • Les anticorps anti-O apparaissent vers le 7-8e jour, atteignent leur maximum vers le 14e jour, restent ensuite en plateau jusqu'à la 4e semaine puis disparaissent rapidement. Ils n'atteignent jamais un taux plus élevé que 1/200e à 1/400e.
        • Les anticorps anti-H apparaissent vers le 10e jour, montent rapidement pour atteindre un maximum de 1/800e à 1/1600e vers le 14e jour, restent en plateau jusqu'à la 4e semaine et diminuent ensuite. Mais à l'inverse des anticorps anti O, ils ne disparaissent pas complètement. Ils persistent toute la vie à un taux de l'ordre de 1/200e.

        L'interprétation des résultats du sérodiagnostic peut être délicate :
        • Si un sujet atteint de fièvre typhoïde reçoit des antibiotiques très précocément, les anticorps anti-O peuvent ne pas apparaître et les anticorps anti-H n'atteindre qu'un taux faible. Parfois, ni les anticorps anti-O ni les anticorps anti-H n'apparaissent.
        • Chez certains sujets atteints de fièvre typhoïde véritable et qui n'ont pas été traités précocement, les anticorps anti-O et anti-H peuvent ne pas apparaître.
        • Des récidives de fièvre typhoïde peuvent s'observer même chez des sujets porteurs de taux élevés d'anticorps anti-O et anti-H (la présence d'anticorps n'assure pas toujours l'immunité).
        • La vaccination par le vaccin TAB (antityphoïde et antiparatyphoïde A et B) laisse persister des anticorps anti TH, AH et BH. Cette signature sérologique ne doit pas en imposer pour un sérodiagnostic positif.

        Au total, le sérodiagnostic de WIDAL et FELIX n'est pas le meilleur moyen de faire le diagnostic biologique de la fièvre typhoïde.
    4. Traitement
      • Le traitement curatif repose sur l'antibiothérapie. Le chloramphénicol a été longtemps l'antibiotique de choix et a été remplacé par les fluoroquinolones et le cotrimoxazole.
      • Le traitement préventif repose surtout sur l'hygiène générale (qualité de l'eau potable, entretien du réseau d'égout, stations d'épuration, hygiène alimentaire, etc…) et sur la vaccination TAB (S. typhi, paratyphi A et B) des populations spécialement exposées (militaires, personnel hospitalier, etc…). Un vaccin acellulaire spécifique de la fièvre typhoïde (TYPHIM) est disponible depuis 1988. Il est constitué de l'antigène capsulaire purifié de S.typhi.
  2. Gastro-entérites à Salmonella
    Les Salmonella dites « mineures » (Salmonella typhi murium, enteritidis, dublin etc…), ubiquitaires, sont ingérées avec une boisson ou un aliment contaminé (cas sporadiques) ou après contamination fécale-orale, souvent par les mains sales (épidémies de collectivités d'enfants). Il peut s'ensuivre des infections purement digestives, les gastro-entérites. Celles-ci se traduisent par de la diarrhée, des vomissements et de la fièvre. Leur évolution est en général bénigne. Certains sujets restent porteurs sains de Salmonella dans leur tube digestif et peuvent dans certaines circonstances (profession de l'alimentation) disséminer leur souche. Le diagnostic biologique des gastro-entérites repose sur l'isolement de la Salmonella par coproculture. Les hémocultures et le sérodiagnostic sont négatifs, la Salmonella restant purement digestive.
    Chez le nouveau-né, le jeune enfant, le sujet âgé, l'immuno-déprimé (ex. SIDA), les Salmonella mineures sont susceptibles de franchir la barrière intestinale et de provoquer un syndrome septicémique de type typhoïdique avec hémocultures positives. Le traitement des gastro-entérites à Salmonella repose essentiellement sur la réhydratation. L'antibiothérapie per os (fluoroquinolones, cotrimoxazole) est indiquée dans les formes sévères. Le traitement antibiotique des porteurs sains de Salmonella est décevant. Le traitement préventif repose sur l'hygiène générale : hygiène alimentaire, hygiène des collectivités.
  3. Toxi-infections alimentaires collectives à Salmonella
    La consommation simultanée par plusieurs personnes d'un aliment massivement contaminé par des Salmonella mineures entraîne un tableau de gastro-entérite, qui, simulant un véritable empoisonnement, est appelé toxi-infection alimentaire collective (TIAC). La période d'incubation est de 10 à 18 heures. Les troubles durent en général 2 à 5 jours. Les complications sont rares sauf chez les sujets à faibles moyens de défense (cf. gastro-entérites). L'aliment responsable est identifié par enquête épidémiologique (enquête cas-témoin). Le diagnostic se fait par recherche de la Salmonella dans les selles des malades et dans l'aliment incriminé (s'il est encore accessible). Le traitement est le même que celui des gastro-entérites. La prévention repose essentiellement sur l'hygiène des cuisines collectives (détection des porteurs sains, techniques de préparation, techniques de conservation : « chaîne du chaud » ou « chaîne du froid », etc...).

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7.1 - Les entérobactéries
7.2 - Les autres bacilles à gram négatif aerobies non exigeants
7.1.1 - Caractères généraux et classification des entérobactéries
7.1.2 - Salmonella
7.1.3 - Shigella
7.1.4 - Yersinia
7.1.5 - Escherichia coli
7.1.6 - Autres entérobactéries commensales
7.1.7 - Entérobactéries saprophytes
7.1.2.1 - Définition et habitat
7.1.2.2 - Classification
7.1.2.3 - Pouvoir pathogène naturel